Το Εργαστήριο Οινολογίας ιδρύθηκε επίσημα τον Ιούλιο του 2015 και εκπληρώνει την βασική τριπλή υποχρέωση των πανεπιστημιακών εργαστηρίων που είναι η έρευνα, η εκπαίδευση, και το κοινωνικό έργο. Η συμβολή του εργαστηρίου Οινολογίας στην στελέχωση της οινοβιομηχανίας με κατάλληλα στελέχη αλλά και η βοήθεια στην επίλυση των οινικών προβλημάτων αποτελεί τον μεγάλο στόχο του Εργαστηρίου αυτού. Περιλαμβάνει ερευνητικό εργαστήριο, αίθουσα οργανοληπτικού ελέγχου και πειραματικό οινοποιείο. Στο χώρο του οινοποιείου παράγεται ο οίνος του Γεωπονικού και πραγματοποιούνται εκπαιδευτικά προγράμματα για το ευρύ κοινό (ερασιτέχνες ή και μελλοντικοί επαγγελματίες του οίνου). Οι τομείς έρευνας στους οποίους δραστηριοποιείται το Εργαστήριο Οινολογίας είναι κυρίως η αξιολόγηση του οινικού δυναμικού γηγενών ποικιλιών, η επίδραση των αμπελουργικών τεχνικών στα ποιοτικά χαρακτηριστικά των σταφυλιών και των οίνων, η βελτίωση της ποιότητας των οίνων, η τεχνικές ωρίμανσης των οίνων, τα υλικά συσκευασίας και επίδρασή τους στην τελική ποιότητα των οίνων, η οργανοληπτική αξιολόγηση των οίνων. Το εργαστήριο συμμετέχει ενεργά στην διαμόρφωση οινικής στρατηγικής της χώρας αλλά και των επιμέρους περιφερειών. Επίσης εκπροσωπεί το Γ.Π.Α. στο διεθνές δίκτυο οινικής έρευνας ΟINOVITIS, ενός δικτύου που προάγει την έρευνα στην αμπελουργία – οινολογία σε όλο τον κόσμο. To εργαστήριο είναι πλήρως εξοπλισμένο για τις χημικές αναλύσεις των οίνων. Πιο συγκεκριμένα διαθέτει υγρό χρωματογράφο, φασματοφωτόμετρο καθώς και όλα τα απαραίτητα όργανα για τις κλασικές αναλύσεις των οίνων. Επίσης διαθέτει χώρο για πειραματικές οινοποιήσεις και αίθουσα επτά θέσεων για οργανοληπτικό έλεγχο των οίνων. Κατά το παρελθόν έχει συμμετάσχει σε σημαντικό αριθμό ερευνητικών προγραμμάτων με χρηματοδότηση από εθνικούς και ευρωπαϊκούς πόρους